Bioinformatik

Moderne Analyse- und Hochdurchsatzverfahren helfen Forschern im Bereich der Lebenswissenschaften, biologische Systeme besser zu verstehen. Dabei fallen große Datenmengen an, die nur mit geeigneten Software-Applikationen und computergestützten Verfahren zeitsparend verarbeitet, analysiert und interpretiert werden können.

Für die Qualität und Aussagekraft der Ergebnisse ist es entscheidend, wie diese Applikationen ausgewählt, konfiguriert und zu Analyse-Pipelines verknüpft werden. Analyse-Pipelines umfassen mehrere Schritte, die zu einer Prozesskette zusammengesetzt werden und dementsprechend exakt aufeinander abgestimmt sein müssen, um einen reibungslosen Ablauf zu garantieren. Hierfür bedarf es eines Teams aus erfahrenen Experten.

Neben der Konvertierung von Dateiformaten und Datenstrukturen zwischen den Modulen der Pipeline stellt auch die richtige Wahl und Konfiguration von Parametern eine Herausforderung dar und ist für die anschließende Bewertung und Qualitätssicherung der Ergebnisse von Bedeutung. Deshalb ist es entscheidend, dass die mit der Datenanalyse beauftragten Personen ein hohes Maß an biologischem Fachwissen, technologischem Know-how und Erfahrung mit der Entwicklung von Lösungsstrategien für komplexe Fragestellungen haben – Eigenschaften, wie sie die Bioinformatik-Spezialisten von solveno mitbringen.

Die Wissenschaftler und Softwareingenieure von solveno decken alle wesentlichen Fachgebiete der Bioinformatik ab – angefangen bei DNA-Sequenz- und Genexpressionsanalyse, über die Erstellung biologischer Netzwerke im Rahmen der Systembiologie bis hin zur Bildanalyse. Eine zusätzliche Vernetzung mit Experten anderer Fachrichtungen stellt sicher, dass Sie als Kunde genau die Lösung erhalten, das Sie benötigen. Die Vielseitigkeit und langjährige Erfahrung unserer Mitarbeiter ermöglicht es, neue Fragestellungen schnell zu erfassen und deren Lösung effizient umzusetzen. Eine sorgfältige Abstimmung aller Prozesse im Vorfeld steigert die Qualität der Ergebnisse und reduziert dabei den Aufwand für die Etablierung einer erfolgreichen Lösung für die Analyse Ihrer Daten. solveno beschleunigt Ihre Forschungsanalysen und optimiert Ihre Datenverarbeitung vor allem mit diesen Leistungen:

  • maßgeschneidertes Consulting in allen Fragen der Bioinformatik
  • Unterstützung bei Entwicklung anwendungsspezifischer Software
  • Auswahl und Konfiguration marktüblicher Bioinformatik-Werkzeuge
  • Design von Analyse-Pipelines
  • Analyse und aussagefähige Aufbereitung von Daten

Schnell und sicher

Eines unserer Fachgebiete umfasst die DNA-Sequenzanalyse. Hierbei werden Next Generation Sequencing (NGS) Daten (z.B. Genomsequenzen) mit Hilfe von Analysemethoden typisiert und Muster identifiziert.

So können wir u.a. pathogene Keime (z.B. eine Bakterienart) anhand der Sequenzierung einer Abstrichprobe detektieren. Anschließend finden wir heraus, gegen welche Antibiotika die identifizierte Bakterienart resistent ist. Ärzte können aus diesen klinisch relevanten Aussagen eine Strategie entwickeln, Krankenhauskeime rasch und zuverlässig zu bekämpfen.

Effizient und zuverlässig

Bei der Herstellung neuer Medikamente müssen deren Wirksamkeit und mögliche Nebenwirkungen untersucht werden. Hierfür analysieren wir, wie die genetische Information beispielsweise in einer Zelle, einem Zellverband oder einem bestimmten Gewebetyp umgesetzt wird (Genexpression). So können wir Rückschlüsse daraus ziehen, wie das System auf bestimmte äußere Einflüsse und Behandlungen reagiert.

solveno unterstützt Sie bei der Aufbereitung Ihrer Genexpressionsdaten, der statischen Auswertung und Validierung der Ergebnisse. Durch unsere langjährige Erfahrung und das Know-how in diesem Fachgebiet steigern wir die Effizienz Ihrer Datenauswertung.

Komplexität verstehen

Biologische Prozesse innerhalb eines Organismus werden sowohl von Genen als auch von einer Vielzahl zellulärer Komponenten wie Proteinen oder Metaboliten gesteuert. Die Systembiologie hat das Ziel ein biologisches System – ganz oder teilweise – durch Modelle zu beschreiben und so die Prozesse einer lebenden Zelle besser und detaillierter zu verstehen. So können Vorhersagen zuverlässiger getroffen werden, zum Beispiel wenn es um die Auswirkungen eines Wirkstoffes auf ein Krankheitsbild geht.

Zu diesen Modellen gehören biologische Netzwerke (zum Beispiel Co-Expressionsnetzwerke, Protein-Protein-Interaktionsnetzwerke). Sie werden in der Systembiologie verwendet, um Zusammenhänge, Interaktionen und Wechselwirkungen zwischen den verschiedenen Komponenten darzustellen und zu analysieren.

Unsere Bioinformatik-Spezialisten helfen Ihnen bei der Modellierung, der Etablierung und der statistischen Analyse solcher Netzwerke. Dadurch können Sie das Potenzial der Daten besser ausschöpfen und erhalten ein besseres Verständnis der Zusammenhänge zwischen verschiedenen Komponenten.

Aussagekräftig und objektiv

Die Analyse von Bilddaten in der Mikroskopie stellt einen wesentlichen Aspekt bei der Beschreibung quantitativer Merkmale von Zellen, Zellverbänden und Geweben dar. Damit können Aussagen zur Gestalt (z.B. Größe und Morphologie), sowie der Funktion und Dynamik von biologischen Systemen getroffen werden.

Wir unterstützen Sie dabei aus einer Vielzahl von Bilddateien alle für Ihre Forschung relevanten Informationen zu extrahieren und analysieren. Wir bieten Ihnen Lösungen für die automatisierte Vorverarbeitung der Rohdaten (z.B. zwei- und dreidimensionalen Bilddatensätze), der robusten Identifizierung (Segmentierung) und Verfolgung (Tracking) von Objekten (z.B. von Zellen), sowie bei der statistischen Analyse der extrahierten Merkmale. Für Ihr Mikroskopie-Labor stellen wir dazu geeignete automatisierte, schnelle und flexible Pipelines zusammen, um das Maximum an Informationen aus Ihren Bilddaten zu gewinnen.

Mit unserer Hilfe beschleunigen Sie dadurch Ihr Forschungsvorhaben und Ihre Wissenschaftler können sich auf die Interpretation der Ergebnisse und die Planung weiterer Experimente konzentrieren.

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